พระเจดีย์สามองค์ เดิมเป็นเพียงก้อนหินวางซ้อนๆ กันสามกอง จึงเรียกที่แห่งนี้ว่าหินสามกอง เป็นที่สักการะของคนไทยโดยทั่วไปก่อนที่จะเดินทางออกเขตแดนไทยเข้าสู่เขตแดนพม่าแต่ครั้งโบราณ ต่อมาในปี พ.ศ.2432 พระศรีสุวรรณคีรี (ทะเจียงโปรย เสตะพันธ์) เจ้าเมืองสังขละบุรี ร่วมกับราษฎรในพื้นที่ก่อสร้างองค์เจดีย์ขึ้นบนหินสามกอง เจดีย์แต่ละองค์สูงประมาณ 6 เมตร ตั้งห่างกันประมาณ 5-6 เมตร ซึ่งในปี พ.ศ.2546 กรมศิลปกรได้ดำเนินการขุดแต่งและพบฐานเจดีย์รูปทรงสี่เหลี่ยมที่ก่ออิฐอยู่ด้านใต้ซึ่งสันนิษฐานว่ามีการสร้างเจดีย์องค์เดิมมาแล้วในสมัยกรุงศรีอยุธยา กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนพระเจดีย์สามองค์เป็นโบราณสถานของชาติในปี พ.ศ.2498

          ด่านเจดีย์สามองค์เป็นเขตสิ้นสุดชายแดนไทยด้านทิศตะวันตก ในอดีตเป็นช่องทางเดินทัพของไทยและพม่า นักท่องเที่ยวสามารถข้ามชายแดนเข้าไปชมตลาดพญาตองซูในเขตพม่า โดยติดต่อทำเอกสาร/หลักฐานได้ที่ด่านตรวจคนเข้าเมืองสังขละบุรี